Агент Смит

====Против аномалии====

Спустя некоторое время, после возрождения, Смит заразил собой одного из жителей Зиона, [[Бэйн (Матрица)|Бэйн]], тем самым получив тело в реальном мире. Через сутки оно было уничтожено Нео на борту «Логоса».

После заражения Бэйна, Смит со своими двойниками пытался уничтожить Нео в Матрице, но избранный, поняв, что не осилит стольких врагов, сумел уйти от них.

Постепенно Смит заполонил всю Матрицу, в том числе и предсказательницу Оракула, тем самым узнав то, что та видела в будущем.

Ближе к концу третьего фильма, Нео в последний раз встречается со Смитом, который был создан из Оракула и начинает с ним бой, в котором не участвуют его остальные копии из-за уверенности в победе.

После тяжёлого боя в воздухе, Смит ненадолго одолевает Нео, сбрасывая его вниз. Смит недоумевает, почему его противник собирается продолжать бой, так как он видел, каков исход поединка.

Вскоре, Смит побеждает Нео и тот падает на землю. Смит собирается его добить, но тут вспоминает про пророчество.

В конце концов Нео сделал выбор, позволив Смиту поглотить его. Но бывший агент совершил большую ошибку — Нео был подключён к [[Главный компьютер/Бог из Машины|главному компьютеру машин]], и когда он пропустил мощный поток энергии через тело избранного, то удалил Смита-Нео и всех его копий.